O Departamento de Engenharia Agrícola e do Meio Ambiente da UFF foi criado em 28 de setembro de 2005, estando vinculado a ele os cursos de Graduação em Engenharia Agrícola e Ambiental e Engenharia de Recursos Hídricos e do Meio Ambiente. O Departamento desenvolve atividades de ensino, pesquisa e extensão ligadas às suas áreas de atuação, bem como tem parcerias com empresas públicas e privadas, para o desenvolvimento de pesquisas e a transferência de tecnologia. E para isso, conta com um corpo docente, que tem obtido recursos em diversos órgão públicos e privados para o financiamento do desenvolvimento de produtos e processos para a sociedade.

No ano de 2012, foi criado na Escola de Engenharia, depois de proposto pelo TER, o Programa de Pós-Graduação em Engenharia de Biossistemas (stricto sensu), consolidando ainda mais a sua missão, no que diz respeito à formação de profissionais altamente qualificados e preparados para o uso e a produção de tecnologia de ponta e engenharia de alto nível.